Luonnonmateriaaliset joogamatot kattavat pääosin luonnonkumista, korkista ja juutista valmistettuja joogamattoja. Luonnonmateriaalit ovat herkempiä, eläväisempiä ja erilaisia ominaisuuksiltaan kuin keinokuituiset. Niiden pintakuitu on useimmiten avoin ja vaatii aavistuksen enemmän hellää hoitoa sekä puhdistusta. Etuja on myös runsaasti: Luonnonkumisessa matossa kumin kitka tekee pidosta erinomaisen. Luonnonkumi on myös täysin maatuvana ekologinen materiaali. Auringonvalosta kumi ei pidä ja myös muut luonnonmateriaaliset matot saattavat olla parempia vain sisäkäytössä.

Luonnonmateriaalisista matoista löydät myös sellaisia mattoja, joissa on luonnonkumin päällä mikrokuituinen suede-kerros. Huomaathan, että nämä matot on suunniteltu ensisijaisesti hikisiin olosuhteisiin ja vaativat aina kosteutta (esim. suihkepullolla suihkutettuna) pidon aktivoimiseksi. Myös korkkimattojen pito aktivoituu kosteudesta.